CEI Euskampus proiektua jakintza guneen komunitate modura pentsatua izan zen, eta, horren bidez, espezializazio adimenduneko programa gisa hedatzen da. Jakintza guneak erakundeek eta diziplinek elkarlanean jarduteko espazio irekiak dira, erronka sozial eta globalei erantzuteko asmoz; horretarako, Euskampus multzoaren zientzia eta teknologia gaitasunak aktibatzen dira, prestakuntzako, ikerketako, ezagutzaren transferentziako eta gizartera zabaltzeko eremuetan elkarlanerako jarduketen diseinuaren eta gauzatzearen bidez. 

Jakintza guneak lehendik zeuden ikerketa egituren bidez zertu dira, eta ez dute sortzen entitateetan egitura berriak edo multzoko entitateen artean superegiturak eratzeko beharrik, baizik eta elkarlanerako espiritua eta haien arteko berrikuntza irekia sustatzen dira. Horretarako, baterako sorkuntzako eta design thinking-eko metodologiak erabili dira ikertzaileekin; horiek esparru estrategikoetan eta jarduketa agendetan apustuak zehazteko balio izan dute. Jakintza guneen komunitatea izan zen CEI Euskampus proiektuaren grabitate zentroa, eta Euskampus Fundazioak sustatutako ezagutzako eta berrikuntzako ekosistemaren eragile. 

CEI Euskampus proiektuaren testuinguruan, 11 jakintza gune jarri ziren abian.

2016an, CEI proiektua amaituta, 6 jakintza gunetan berrantolatu ziren, UPV/EHU, TECNALIA eta DIPCren arteko elkarlaneko ikerketak eta berrikuntzak RIS3 Euskadiri egiten dioten ekarpena maximizatzeko.