El proyecto CEI Euskampus fue concebido como una Comunidad de Polos de Conocimiento, a través de la cual se despliega como un programa de especialización inteligente. Los Polos de Conocimiento son espacios abiertos para la colaboración interinstitucional e interdisciplinar con el objetivo de abordar retos sociales y globales activando para ello las capacidades científico tecnológicas de la agregación Euskampus mediante el diseño y ejecución de actuaciones colaborativas en los ámbitos de formación, investigación, transferencia del conocimiento y difusión a la sociedad. 

El despliegue de los Polos se materializa mediante la vertebración de las estructuras de investigación ya existentes y no representa la constitución de nuevas estructuras en las entidades o superestructuras entre las entidades de la agregación, sino que se fomenta el espíritu cooperativo y la innovación abierta entre ellas. Para ello, se han utilizado metodologías de co-creación y design thinking con los investigadores que han servido para concretar las apuestas en marcos estratégicos y agendas de actuaciones. La Comunidad de Polos de Conocimiento fue el centro de gravedad del Proyecto CEI Euskampus y el motor generador del ecosistema de conocimiento e innovación promovido por Euskampus Fundazioa. 

En el contexto del Proyecto CEI Euskampus se pusieron en marcha 11 polos de conocimiento.

En 2016, una vez terminado el proyecto CEI, se re-organizaron en 6 Polos con el objetivo de maximizar la contribución de la investigación e innovación cooperativa entre la UPV/EHU, TECNALIA y DIPC a la RIS3 Euskadi.